自動拋光機(jī)操作比較簡單，操作人員只需將要拋光的物件事先擺放在相應(yīng)的夾具之上。將夾具固定在自動拋光機(jī)工作臺上。啟動自動拋光機(jī)，自動拋光機(jī)在設(shè)定時間內(nèi)完成拋光工作，自動停止，在從工作臺上卸下物件即可。粗拋目的是去除磨光損傷層，這一階段應(yīng)具有最大的拋光速率，粗拋形成的表層損傷是次要的考慮，不過也應(yīng)當(dāng)盡可能��；其次是精拋(或稱終拋)，其目的是去除粗拋產(chǎn)生的表層損傷，使拋光損傷減到最小。

自動拋光機(jī)要設(shè)法得到最大的拋光速率，以便盡快除去磨光時產(chǎn)生的損傷層。同時也要使拋光損傷層不會影響最終觀察到的組織，即不會造成假組織。前者要求使用較粗的磨料，以保證有較大的拋光速率來去除磨光的損傷層；后者要求使用最細(xì)的材料，使拋光損傷層較淺，但拋光速率低。解決這個矛盾的最好的辦法就是把拋光分為兩個階段進(jìn)行。

自動拋光機(jī)拋光前，需要調(diào)整好拋光頭與工作臺面的距離。以達(dá)到最好的接觸效果，拋出最好的效果。拋光過程中可以使用手工打蠟，以降低機(jī)器制作成本。